Zwei Monate nach dem Vorfall im Herrenhaus schickt die
Umbrella Corporation eine eigene Spezialeinheit aus, um den von William Birkin neu entwickelten G-Virus zu stehlen. Kurz nach der fehlgeschlagenen Aktion breitet sich das Virus in ganz Raccoon City aus.
Nachdem Chris Redfield, ein Hauptcharakter des ersten Teils, kurz nach seinem Einsatz im Herrenhaus spurlos verschwindet, macht sich seine Schwester Claire Redfield nach Raccoon City auf, um dort nach ihrem Bruder zu suchen. Sie weiß zu diesem Zeitpunkt noch nicht, dass die dortigen Bewohner bereits zu blutrünstigen Zombies mutiert sind.
Gleichzeitig trifft anderorts in der Stadt der frisch ausgebildete Polizist Leon Scott Kennedy ein, um seinen Dienst im örtlichen Revier anzutreten. Auch er wird von den dort herrschenden Zuständen überrascht. Nachdem beide Charaktere ersten Kontakt mit den lebenden Toten erfahren, treffen sie zufällig aufeinander und fliehen mit einem Streifenwagen in Richtung Polizeirevier.
Durch einen Unfall werden beide allerdings wieder getrennt, schlagen sich jedoch unabhängig voneinander bis zum Polizeirevier durch. Es wird klar, dass William Birkin an der Erforschung des G Virus beteiligt war. Da Claires Bruder Chris nicht aufzufinden ist und sie von dem Außeneinsatz im Herrenhaus erfährt, beschließen die beiden aus der Stadt zu flüchten.
Die Flucht führt Claire und Leon in die Kanalisation Raccoon Citys, dem Ort, an dem der G Virus freigesetzt wurde. Sie erreichen schließlich das Forschungslabor, in dem ihnen ein unterirdischer Bahnhof samt Zug zur Flucht aus der Stadt verhelfen soll. Im Labor, dem Entwicklungsort des G Virus, findet die Handlung mit dem Besiegen des mutierten William Birkin ihren Abschluss. Clair, Leon und Sherry (die Tochter der Birkins) können aus der Stadt fliehen. Chris Redfield, Claires Bruder, bleibt allerdings weiterhin verschollen.