Nach dem Untergang der Umbrella Corporation dauerte es nicht lange, bis die Biowaffen des Konzerns auf dem Schwarzmarkt auftauchten. Eine neue Ära des Bio-Terrorismus brach über ungeschützte Staaten herein. Man befürchtete, dass eine erneute Katastrophe im Ausmaß von Raccoon City unvermeidbar wäre. Aus diesem Grund wurde eine neue, weltweit operierende Organisation zur Bekämpfung des biologischen Terrors gegründet – die B.S.A.A. (Bioterrorism Security Assessment Alliance).
Im März 2009 wird Chris Redfield, Gründungsmitglied und bester Agent der B.S.A.A., in das afrikanische Dorf Kijuju geschickt, um einen möglichen Schmuggel von Biowaffen aufzudecken. Unterstützt wird Chris dabei von der einheimischen Agentin Sheva Allomar. Chris ist der Gedanke an eine neue Partnerin erst etwas unangenehm, da seine letzte Partnerin Jill Valentine vor geraumer Zeit bei einem Einsatz ums Leben kam, jedoch erweist sich Sheva schnell als wertvolle Verbündete. Kijuju erweist sich nämlich als äußert gefährliches Pflaster, in dem es nicht mit rechten Dingen zugeht. Die beiden Agenten sollen sich mit dem Alpha Team treffen, um den Schmuggler Ricardo Irving ausfindig zu machen und ihn zu verhaften. Allerdings eskaliert die Situation und sie sehen sich mit Menschen konfrontiert, die mit dem Las Plagas Virus infiziert wurden und nun als mordlüsterne Manjini ihr Unwesen treiben.
Als sie einen Funkspruch von Captain DeChant abhören, machen sie sich sofort auf den Weg zum vereinbarten Treffpunkt. Allerdings kommen sie zu spät und einzig DeChant lebt schwerverletzt und warnt sie vor Irving, bevor auch er stirbt.
Wenig später sehen sich die beiden ebenfalls mit einer diese Kreaturen konfrontiert, dem Popokarimu. Nach erfolgreichem Kampf melden sie sich erneut im Hauptquartier und werden gebeten sich mit dem BSAA Delta Team zu treffen. Der Anführer Captain Josh Stone übergibt Chris eine Memorycard, die Recherchematerial enthält und sie machen sich erneut auf die Suche nach Irving. Als sie ihn aufspüren, bekommt dieser von einer verhüllten Frau den Parasit eingepflanzt, der ihn mutieren lässt. In seinen letzten Atemzügen erwähnt er den Namen "Excella Gionne". Damit stehen für die beiden die nächsten Schritte fest.
Als sie in dem Ort ankommen, den sie im Recherchematerial gesehen haben, will Chris mehr über Jills Schicksal erfahren, als sie von einem weiteren Monster, dem U-8, angegriffen werden. Nach dem Kampf sind alle Aufzeichnungen vom Rechner gelöscht. Wenig später erscheint Excella Gionne, die ihnen allerdings keine große Hilfe ist. Als sie Excella erneut treffen, wird diese von der maskierten Frau begleitet. Nun erscheint Wesker und offenbart, dass es sich bei der Frau, um die totgeglaubte Jill handelt, die ein Amulett trägt, indem der P30 enthalten ist und womit Wesker sie kontrollieren kann. Chris und Sheva bleibt nichts anderes übrig, als sich den beiden entgegen zu stellen. Nach sieben Minuten verschwindet Wesker und lässt die beiden mit Jill alleine. Sofort nutzen sie die Chance und befreien Jill vom P30, wodurch sämtliche Erinnerungen langsam zurückkehren. Sie überzeugt Chris und Sheva, dass sie Wesker aufhalten müssen. Sie folgen ihm zu seinem Schiff, wo sie erneut auf Excella treffen, aus deren Brust sich das Uroboros-Virus befreit. Nach dem Sieg wird ihnen klar, dass Wesker mit einem Bomber das Virus weltweit verstreuen will. Von Jill erfahren sie, dass Wesker selbst ein Serum zu sich nimmt, das bei einer Überdosis zu einer Schwächung seiner Kräfte führen würde.
Nach einer weiteren Verfolgungsjagd spüren sie Wesker im Hanger auf, wo sie es schaffen, Wesker das Serum zu injizieren, das Excella verloren hat. Geschwächt rettet er sich in seinen Jet, doch die beiden BSAA-Agenten können ihm folgen und schaffen es, das Flugzeug in einem Vulkan abstürzen zu lassen. Auch hier gibt Wesker nicht auf und so müssen sie ihm erneut entgegentreten. Allerdings siegen unsere Helden und werden von Josh und Jill in einem Hubschrauber gerettet. Wesker schafft es mit seinen letzten Kräften den Hubschrauber mit seinem mutierten Arm zu ergreifen, mit Hilfe von Raketenwerfern gelingt es ihnen, den Bösewicht endgültig zu vernichten.